随着全面深化改革的不断深化，尤其是县区2015年综合执法改革工商、质监、药监“三合一”综合执法监管体制改革以后，全市食药监管工作出现了许多新情况、新问题。集中表现在5大方面：
一是监管矛盾仍然突出。“三合一”改革以后，各县区局内设机构设置、人员配备不尽科学合理，乡镇基层监管工作人员数量有一定保障但素质不适应，特别是药械保化监管力量尤为薄弱，日常监管、检查核查、监测评价、稽查办案等监管能力和水平亟待提高。
二是稽查办案严重滞后。主要表现在对食药安全违法案件查处力度大幅下降。全市2016年上半年共查处“四品一械”案件数、罚没款金额仅为去年同期的46.37%和53.59%。日常监管重巡查、轻细查，重感官、轻技术，重经验、轻创新，工作思路不清、重点风险隐患不明，加之业务能力、技术手段匮乏，稽查办案“打假治劣”的威慑作用未得到充分发挥。
三是作风、能力不尽适应。主要表现为部分干部职工工作节奏四平八稳、温温吞吞、按部就班，有的不会创新、不想负责、不愿担当，牢骚多、怨气多，信心不足、干劲不足；个别领导干部思路不宽、视野不广、墨守陈规，适应新形势下新常态的创新意识、机遇意识、风险意识、责任意识、担当意识不足。
四是汇报、争取不够。市局有的科室和个别县区对于本单位的重点、亮点工作，不善于用心思想、不勤于动笔提炼，方法简单、敷衍了事；跑项目、跑资金，搞协调、搞联系，等靠思想严重，主动出击少，闭关自守、坐等观望思想和行为不同程度存在。
五是信息报送不及时。个别县区发生安全事件后，情况不清、联动不够，调查和报告不及时、不规范，充分暴露行政防控和处理能力水平欠缺问题；个别县区局12331投诉举报电话不畅通，有时接转办件甚至推三阻四，推卸责任和工作；有的单位上报统计报表不及时、数据不准确，甚至造假数据，影响决策。
